如果员工工资为2500元，休息三天超过公司规定的请假天数，那么扣除工资的计算方法如下：
一、判断扣除天数
需要判断员工超过的休息天数。例如，公司规定每月可休假4天，而员工休息了7天，则超出的天数为7-4=3天。
二、计算单日工资
根据员工的月工资，计算其单日工资。单日工资=月工资÷工作天数。对于2500元的月工资，假设工作天数为22天，则单日工资为2500÷22=113.64元。
三、扣除工资
扣除工资=超出的天数×单日工资。根据上述计算，超出的天数为3天，单日工资为113.64元，因此扣除工资=3×113.64=340.92元。
四、剩余工资
员工剩余工资=月工资-扣除工资。根据上述计算，员工扣除340.92元后，剩余工资为2500-340.92=2159.08元。
五、注意事项
需要注意的是，实际扣除工资的具体规定可能会因公司规章制度而异。有些公司可能会对超出的休息天数进行累积计算，而另一些公司则可能直接扣除对应的单日工资。员工应详细了解公司的请假规定，避免因超假而造成不必要的扣工资情况。
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